U prvoj polovici XVII. stoljeća Katedralu su - nakon što je prvi put u svojoj povijesti dobila veliki zvonik - zadesila dva pogubna požara nanijevši joj goleme štete i oštećenja. Prema izvješću tadašnjega kanonika Jurja Ratkaja, urušio se katedralni svod “koji je zgnječio i u komade razbio kor, biskupsko prijestolje, pet oltara pod korom”, itd. - kroničarskim zapiscima posvjedočilo je kanoničko pero.
Potkraj XVII. stoljeća Katedrala je obogaćena mnogim novim oltarima. Svakako najvažniji su bili oltari Sv. Ladislava i Sv. Marije. Početak XVIII. stoljeća Katedrala je dočekala s prvim mramornim oltarima. Njihovi su tvorci slovenski kipari ili talijanski umjetnici. Među njima je bio najpoznatiji Francesco Robba, koji se obvezao na izradu četiriju oltara za Katedralu. Njemu je pouzdano pripisan oltar Sv. Križa, koji je za obnove Katedrale prenesen u Križevce. Godine 1720. u Katedrali je postojao trideset i jedan oltar. U Katedrali su se ukapali časni i slavni ljudi crkve. Njihove grobove pratile su nadgrobne ploče s uklesanim natpisima pored kojih su se javljali i figuralni motivi. Nakon protureformacije ploče su polagane na pod, a po njima se u znak poniznosti hodalo. Sve nadgrobne kamene ploče su prilikom restauriranja Katedrale uklonjene iz njezine unutrašnjosti.
Slavko Šterk