Građani slobodnoga grada na brdu Gradecu imali su već od polovice XIII. stoljeća svoju župu sa crkvom Sv. Marka. Ponajprije je bila pod patronatom zagrebačkog biskupa, a 1261. godine Kraljica Marija, supruga Bele IV, podvela je župu pod patronat Gradeca.
Teritorij župe poklapao se sa zemljištem koje je pripadalo kraljevskom gradu. Potkraj XVII. stoljeća župi su, osim grada i podgrađa, pripala i gradska sela - Trnje, Horvati, Sveti Duh i ina sela.
Crkva je prvotno bila romanička trobrodna bazilika, građena od opeke. U posljednjoj četvrtini XIV. stoljeća podignuta je trobrodna dvoranska crkva, djelomice na temelju romaničke. Stupovi lađa bili su oslikani gotičkim freskama. Uza sjeverozapadnu stranu crkve gradska je općina 1499. godine podigla kapelu Sv. Fabijana i Sebastijana - svoj zavjet protiv kuge.
Južni je portal figuralno najbogatiji i jedini gotički portal u kontinentalnom dijelu Hrvatske. Crkvu Sv. Marka gradili su i ukrašavali majstori jedne od mnogih čeških graditeljsko-klesarskih radionica.
Između 1866. i 1882. godine provedena je temeljita obnova crkve, kojom je ona zadobila neogotičko obilježje i karakteristični pokrov od glazirane višebojne opeke s grbom grada Zagreba i Trojedne kraljevine.
Slavko Šterk