Postupnom obnovom Katedrale - koju je početkom XIX.st. inicirao biskup Aleksandar Alagović, nastavio biskup Juraj Haulik (neogotički glavni oltar i ine pojedinosti); potom su se tijekom stoljeća nizali manji rani historistički zahvati - ništa se bitno nije promijenilo do osamdesetih godina XIX. stoljeća.
Prebendar i povjesničar Ivan Krstitelj Tkalčić smatrao je da je “današnje lice katedrale grdno izopačeno što elementarnimi nepogodami, što domaćimi ratovi, a napokon pokvarenim ukusom koj počam od XVII. vijeka oštetio je monumentalne sgrade” u Italiji, Francuskoj i Njemačkoj pa kako ne bi i u Hrvatskoj.
Potaknut Tkalčićevim mišljenjem, biskup i kardinal Josip Mihalović se odlučno upustio u obnovu Katedrale, povjerivši je najuglednijem stručnjaku, bečkom profesoru arhitekture Fridrichu von Schmidtu. Zbog prezaposlenosti Schmidt je ponuđenu zagrebačku gradnju prepustio svome učeniku i suradniku Hermannu Bolléu. Potres koji je potkraj 1880. godine zadesio Zagreb i teško pogodio Katedralu, nanijevši joj golema oštećenja, neodgodivo je ubrzao već planiranu obnovu.
Godine 1885. završeni su najvažniji radovi u unutrašnjosti, srušen je barokni svod u svetištu, otvoreni zazidani gotički prozori, uklonjen veliki dio inventara.
Godine 1887. postavljene su skele za obnovu zapadnoga pročelja. Podignuta su dva visoka tornja, koja postaju novi i snažni vizualni identitet narastajućega grada. Upravo na tornjevima, jedva dostupno oku, Bollé je maštovito prikazao fantastični bestijarij uz mnoštvo florealnih motiva na fijalama i drugim dekorativnim elementima. U ožujku 1902. godine dovršena je obnova Katedrale. Kako bi se obnovljena Katedrala mogla sagledati u novim dimenzijama, uklonjen je, 1906. godine, tvrđavni zid i stara Bakačeva kula.
Bolléova obnova katedrale temeljila se na povijesnoj idealizaciji srednjega vijeka, prikladno i primjereno tadašnjem europskom razmišljanju o graditeljstvu.
Slavko Šterk
