Proglašenjem Nezavisne Države Hrvatske i ulaskom Wehrmachta u Zagreb 10. travnja 1941. izazvane su korjenite promjene. Ushit ostvarenjem neovisne države, iskazan tijekom svečanog dočeka Poglavnika dr. Ante Pavelića, uskoro potiru Rimski ugovori - kojima su Italiji odstupljeni veliki dijelovi nacionalnoga teritorija - rasna i vjerska diskriminacija Srba i Židova te državni teror nad svima koji ne zastupaju ideje ustaškoga pokreta, posebice komunistima. Na teror odgovara se otporom koji svoj oružani iskaz dobiva u partizanskim akcijama komunista (diverzija na glavnoj pošti i atentat na postrojbu ustaških študenata kod Botaničkoga vrta 1941. g.). Odmazde pod krinkom osuda prijekog suda učestavaju, a javna vješanja od 1943. postaju svakodnevnicom. Sve te nedaće - koje ne može olakšati ni znakoviti uspon kulture, niti šlageri Vlahe Paljetka - prati i nestašica hrane. Kruh je racioniran već 1941. g.; točkice za robu i prehrambene proizvode uvode se 1942. godine, a gradski se parkovi pretvaraju u povrtnjake.
Uzlet u gradogradnji završetkom bolnice Rebro i početkom izgradnje radničkog Naselja Ante Starčevića u Dubravi, do kojeg je tramvaj stigao 1942. g., posustaje zbog gospodarske nemoći. Gradom upravljaju gradonačelnici (Jozo Dumandžić, Ivan Werner i Eugen Starešinić) ograničeni u svom djelovanju središnjom vlasti.
God. 1941. stvara se u Zagrebu mreža Narodne (tzv. crvene) pomoći, kao najmasovnije antifašističke organizacije. Stvaraju se paralelni organi vlasti, Narodnooslobodilački odbori, koji organiziraju odlazak u partizane te je tako u okviru antifašističke vojske oformljen X. zagrebački korpus. Dovršava se sklonište ispod Gornjega grada jer od početka 1944. Zagreb sve češće trpi bombardiranja iz zraka. Zbrinjavanjem izbjeglica nastaje ustroj režimske Pomoći a zbog bombardiranja ustrojava se Narodna (civilna) zaštita. Slom III. Reicha uvjetuje i slom NDH, čiji organi vlasti prepuštaju u svibnju 1945. god. civilnu vlast Narodnoj zaštiti, koja dočekuje jedinice II. armije u opustjelome Zagrebu 8. svibnja 1945. god.
Dana 6. svibnja 1945. tadašnje vrhovništvo napušta Zagreb. Danima traje povlačenje vojnih postrojbi i dijela pučanstva prema zapadu u namjeri da se u Koruškoj stave pod zaštitu Saveznika. Svršetkom Drugoga svjetskoga rata dogodio se u Bleiburgu zločin nad hrvatskim narodom, koji kreće na svoj Križni put.
Ivan Ružić