Premda je Muzej grada Zagreba 2007. godine proslavio stotu obljetnicu svoga rada, arheološka zbirka novijeg je datuma i osnovana je 1993. godine, kada je u Muzeju po prvi put otvoreno mjesto arheologa. Zbog velikih arheoloških istraživanja (1989.-1995.) tijekom obnove glavne muzejske zgrade (samostana klarisa) te izvedbe novog stalnog postava, ali i sve većih potreba arheoloških istraživanja u staroj gradskoj jezgri, 1997. godine Muzej je zaposlio i drugog arheologa. Time su stvorene pretpostavke za podjelu arheološke zbirke na pretpovijesnu i srednjovjekovnu unutar kojih je bilo moguće rasporediti gotovo čitav arheološki fundus Muzeja.
Zbog intenzivnih iskopavanja koje Muzej provodi na području grada i njegove bliže okolice, te velike količine novoprikupljenog materijala, razmišlja se i o osnivanju novih zbirki (primjerice numizmatičke i novovjekovne).
Pretpovijesna zbirka Muzeja grada Zagreba sadrži nalaze koji su prikupljani poklonima, rekognosciranjima i iskopavanjima. Većina nalaza prikupljena je zadnjih dvadesetak godina, kada su i istraživanja intenzivirana. Pretpovijesne nalaze koje čuva MGZ, a pronađeni su u stručnim iskopavanjima možemo promatrati kroz tri grupe.
Prvu grupu predstavljaju nalazi prikupljeni pri istraživanju nalazišta Muzej grada Zagreba (samostan klarisa).
Premda se i ranije predmnijevalo, a raniji slučajni nalazi u podgrađu ukazivali da je Gradec bio i u pretpovijesti značajno naselje, ovi su nalazi prvi pokazali veličinu i značaj zagrebačkoga Gradeca u prvom tisućljeću pr. Krista.
Brojnost predmeta i kvaliteta izrade kasnobrončanodobnih i željeznodobnih keramičara i ljevača ukazuju na visoku kvalitetu življenja na brdu Gradec.
Drugu grupu čine nalazi prikupljeni u zaštitnim iskopavanjima na različitim lokacijama, posebice na Gornjem gradu (Markov trg, Grič, Demetrova 7 itd.), koji su samo upotpunili spoznaje o pretpovijesnom Gradecu, kako kulturno tako i vremenski. Ustanovljeno je da je gradečki plato u cijelosti bio naseljen još od kraja drugog tisućljeća pr. Krista. Nedvojbeno je da je Gradec tada bio veliko regionalno središte, koje je odigralo važnu, a vrlo vjerojatno i dominantnu ulogu u formiranju kulturnog identiteta cijeloga kraja.
Treću grupu čine nalazi iskopani na nalazištu Budinjak u Žumberku, gdje MGZ sustavno provodi istraživanja od 1993. godine. Budinjak je smješten u središnjem dijelu Žumberačke gore na nadmorskoj visini od 740 m, pedesetak kilometara zapadno od Zagreba. Riječ je o utvrđenom naselju (gradini Židovske kuće) i nekropoli tumula (grobnih humaka) iz vremena starijeg željeznog doba (halštatske kulture). Šira istraživanja ovog nalazišta trebala bi pojasniti načine ukopa i dati nove nalaze i spoznaje o halštatskoj kulturi sjeverozapadne Hrvatske.
Bogatstvo do sada pronađenih nalaza na nekropoli u Budinjaku, svjedoči o ekonomskoj snazi stariježeljeznodobne populacije koja je živjela na budinjačkoj gradini. Ta je ekonomska snaga usporediva s onom najbogatijih željeznodobnih nalazišta s jugoistočnog alpskog prostora. Značaj i važnost pronađenih nalaza svjedoče o važnosti istraživanja tog nalazišta za proučavanje srednjoeuropske pretpovijesti (halštatske kulture).
Tekst napisao: Želimir Škoberne, muzejski savjetnik