Počeci sakupljanja arheološke građe u Muzeju grada Zagreba bilježe se još 15. siječnja 1911. godine, kada je veliki meštar Braće hrvatskoga zmaja i prvi ravnatelj Gradskog muzeja, Emilij pl. Laszovski, preuzeo srednjovjekovno keramičko posuđe i kamene mužare iskopane prilikom dogradnje gradske vijećnice u Kuševićevoj ulici.
Temelj zbirke čine nalazi otkriveni tijekom arheoloških istraživanja koja su devedesetih godina 20. stoljeća provedena unutar spomeničkog kompleksa u kojem se nalazi Muzej grada Zagreba. Riječ je o predmetima koji zrcale prošlost Slobodnog i kraljevskog grada Gradeca (1242.-1850.).
Istodobno s osnivanjem zbirke, 1997. godine, Muzej grada Zagreba proveo je i prva zaštitna arheološka istraživanja u povijesnoj jezgri grada i to na lokaciji Novih gradskih vrata u Opatičkoj ulici. Bio je to početak uspješne suradnje muzealaca i službe.
Nakon toga uslijedio je niz arheoloških zahvata unutar zaštićene povijesne urbane cjeline grada Zagreba, koja su na svjetlo dana iznijela brojna materijalna svjedočanstva proteklih vremena, a koja bitno upotpunjuju sliku zagrebačke prošlosti.
Potrebno je istaknuti višegodišnje istraživanje u Parku Grič, istraživanja na Trgu sv. Marka te na mjestu današnjeg poslovno-trgovačkog kompleksa Centar Kaptol, unutar današnje Gornjogradske gimnazije, uz crkvu Blažene djevice Marije u Remetama, itd.
Tim istraživanjima otkriveni su:
- segmenti naselja iz starijeg željeznog doba (8./7. st.pr. Kr.)
- definirani su dijelovi gradske srednjovjekovne fortifikacije
- pronađeni su grobovi za koje nismo imali podataka u povijesnim izvorima
- predmeti koji ukazuju na postojanje trgovačkih veza s mediteranskim i srednjoeuropskim kulturnim krugom
- kompleks anžuvinske palače iz 14. stoljeća te
- predmeti koji odražavaju život, kulturu stanovanja te umjetničke i obrtničke dosege nekadašnjih stanovnika Gradeca i Kaptola.
Među inim, potrebno je istaknuti dijelove kaljevih peći otkrivenih unutar radionice koja je na Novoj Vesi izrađivala peći od kraja 15. pa do početka 16. stoljeća.
Nadalje, od predmeta izrađenih izvan prostora Hrvatske treba istaknuti vrč pronađen u Parku Grič, nastao u talijanskim radionicama sredine 14. stoljeća, koji, kao luksuzni proizvod toga vremena, svjedoči o imućnom vlasniku. Ili, primjerice, vrč od majolike, pronađen u dvorištu kurije Kaptol 8, čije izvorište nalazimo u radionicama srednje Italije u 16. stoljeću.
Izuzetno su dragocjeni i numizmatički nalazi (novac, svetačke medalje) čijom interpretacijom povijesna slika srednje Europe dobiva svoj odraz i na današnjem zagrebačkom prostoru. Iz njih se može izdvojiti i jedini primjerak grčkog novca s područja Zagreba, kovan na Siciliji nakon 288. g. pr. Kr. u grčkoj koloniji Messani (Mesina). S obzirom da je naknadno probušen te je, vjerojatno, u srednjem vijeku korišten kao privjesak, možemo ga zamisliti kao dio nošnje.
Brojno keramičko stolno i kuhinjsko posuđe dragocjen je izvor za rekonstrukciju svakodnevnog života nekadašnjih stanovnika današnjeg Zagreba, a vrčevi i lonci otkriveni unutar zdenca na Medvedgradu primjer su za stilsku i morfološku analizu posuđa iz vremena prije 1590. godine, kada je potres u potpunosti zaustavio život u tom utvrđenom plemićkom gradu.
Premda veliki broj predmeta pripada i mlađim razdobljima povijesti, kao novac iz 16. stoljeća, posuđe iz 17. i 18. stoljeća ili lula iz 19. stoljeća, arheološki kontekst u kojem su pronađeni uvjetuje njihovo čuvanje unutar ove zbirke.